Folio Writer
学術誌の仕様どおりの投稿を、
生きた図とともに
投稿前の最後の一週間には、たいてい二つのことが起こります。原稿が学術誌のテンプレートに無理やり押し込まれ、図はその日の状態のまま凍結されるのです。このガイドでは Folio Writer の二つのワークフローを組み合わせ、そのどちらも起こらないようにします——Quarto 拡張による学術誌の仕様どおりのレイアウトに、アップロードするその瞬間まで、コンパイルのたびにデータから再生成される図を載せるのです。
ステップ 1 · 学術誌の拡張を追加する
Quarto の学術誌拡張は、出版社がメンテナンスしているテンプレートです——AGU、Elsevier、Copernicus、そして増え続けるリスト。ターミナルで、プロジェクトの中にインストールします。
cd /path/to/YourProject # the folder with folio.json quarto add quarto-journals/agu
これでプロジェクト内に _extensions/ フォルダが作られます——つまりテンプレートは原稿と一緒に移動し、同期されます。プロジェクトを開いた共著者も、設定なしで同じ学術誌のフォーマットを使えます。
ステップ 2 · 一行で学術誌を選ぶ
「メタデータ」文書（または コンパイル ▸ フォーマットのメタデータ）に次を追加します。
quarto-to: agu-pdf
レンダラー = Quarto、フォーマット = PDF でコンパイルします。Folio Writer は --to agu-pdf で描画し、構造化された著者、所属、ORCID を学術誌テンプレートへ手を加えずに渡します——そして、学術誌のクラスと衝突する汎用のレイアウトキー（geometry、fontsize、documentclass…）を取り除きます。普段のコンパイル設定が投稿原稿に紛れ込むことはありません。
ステップ 3 · 学術誌独自のメタデータ
拡張はそれぞれ独自のキーをいくつか追加します——GitHub でその template.qmd を確認してください。AGU の場合：
citation: container-title: "JGR: Solid Earth" plain-language-summary: | One paragraph for non-specialists. key-points: - Up to three statements, ≤140 characters each.
これらも他のすべてと同じく「メタデータ」文書に置かれます——プレーンな YAML として、プロジェクトの中に、バージョン管理のもとで。
ステップ 4 · テンプレートの中で生き続ける図
学術誌向けのレンダリングは Quarto のレンダリングそのものなので、実行可能なセルもその中で実行されます。コンパイルのたびにデータを読み直し、モデルを当てはめ直し、図を描き直します——学術誌独自のフロートのレイアウト、キャプションのスタイル、番号付けの中で。なじませるためのオプションは二つです。
```{python}
#| label: fig-eos
#| fig-cap: "Compression curve with third-order Birch–Murnaghan fit."
#| fig-width: 5.6 # match the journal's text width
#| echo: false # journals want figures, not code
...
```
本文では他の図と同じく @fig:eos として参照してください——Folio Writer がコンパイル時に Quarto ネイティブの記法に変換するので、普通のビルドが必要なときは、同じ原稿を pandoc/LaTeX でも描画できます。
ステップ 5 · 両方の成果物を送り出す
- フォーマット = PDF——査読用と共著者用の、学術誌の仕様どおりの PDF。
- フォーマット = LaTeX——ほとんどの投稿システムが実際に求める
.tex。同じソースから同じ拡張で生成されます。図は生成されたとおりに含まれます。
この組み合わせが大事な理由
それぞれ単独でも、午後一つ分の手間が省けます。組み合わせると、投稿とは何かが変わります。テキスト、データ、解析コード、学術誌テンプレートからなるプレーンファイルのフォルダが、アップロードしたものとまったく同じ成果物を決定論的に生み出すのです。今日なら共著者が、5 年後なら学生が、改訂中ならあなた自身が再実行できます。それは便利さではありません。書き方の副産物としての再現性です。