自動重新產生的圖表：
用 Quarto、Python 與 R 動態繪圖

手稿中最危險的圖，是三輪修訂前手工做出來的那一張。當分析變了而 PNG 沒變，論文就在悄悄說謊。解決之道：把程式碼放進手稿，讓每次編譯都從資料重新產生圖表——Quarto 負責執行，Folio Writer 負責統籌。

一個區塊說清楚

在 Folio Writer 文稿的任何地方，寫一個可執行程式碼區塊，而不是貼上圖片：

```{python}
#| label: fig-eos
#| fig-cap: "Third-order Birch–Murnaghan fit to the P–V data."
import pandas as pd, matplotlib.pyplot as plt
d = pd.read_csv("Research/pv-data.csv")
plt.plot(d.V, d.P, "o"); plt.plot(d.V, fit(d.V))
plt.xlabel("V (Å³)"); plt.ylabel("P (GPa)")
```

以 渲染器 = Quarto 編譯，程式碼區塊就會執行：讀取 CSV、繪製擬合曲線，完成的圖表就會出現在 PDF 中——或 Word 檔、HTML 中——並像其他任何圖一樣帶有編號、圖說，可用 @fig-eos 引用。R 的用法完全相同：

```{r}
#| label: fig-spectra
#| fig-cap: "Raman spectra by pressure step."
library(ggplot2)
ggplot(read.csv("Research/spectra.csv"),
       aes(shift, intensity, color = factor(P))) + geom_line()
```

更新資料檔、重新編譯，每一張圖就都是最新的。沒有匯出步驟，沒有「圖 3 是哪個指令碼畫的？」，也沒有過時的圖表——手稿本身就是處理流程。

設定方式

安裝 Quarto（quarto.org，或 brew install quarto）以及免費的 Folio Helper，讓處於沙盒中的 App Store 版 App 能執行你本機的工具鏈。
Python 程式碼區塊：你需要一個裝有 Jupyter 的 Python（pip install jupyter matplotlib pandas）。Folio Writer 會自動讓 Quarto 指向能執行 Jupyter 的直譯器，因此程式碼區塊會在真正能執行它們的 Python 上執行——而不是 PATH 上剛好排在第一位的那個 python3。
R 程式碼區塊：安裝 R 以及 knitr 和 rmarkdown——也就是 Quarto 的標準 R 引擎。
把資料與分析指令碼放在專案的 Research 資料夾中，整條處理流程就會隨手稿一起移動（與同步）。

等級說明：執行程式碼區塊與編譯一樣，屬於一次性 Pro 解鎖的一部分（含 7 天完整試用）。撰寫程式碼區塊，以及不執行程式碼的一般 Quarto 渲染，則不需要 Pro。

在哪裡執行：即時預覽刻意保持即時——它會排版文字與數學公式，但不執行程式碼。程式碼區塊在編譯時執行，也就是 Quarto 渲染縫合好的手稿時。想快速看看某張圖，只編譯你正在處理的章節即可（範圍 ▸ 所選文稿）。

對手稿真正重要的程式碼區塊選項

Quarto 的程式碼區塊選項以 #| 註解行的形式附帶。以下五個幾乎涵蓋了手稿的所有需求：

```{python}
#| label: fig-eos          # cite it as @fig-eos
#| fig-cap: "Compression curve with third-order fit."
#| echo: false             # figure in the paper, code not
#| fig-width: 6.5          # inches, match the journal column
#| warning: false          # keep library chatter out of the PDF
...
```

如果整部手稿中都不該印出任何程式碼，就在中繼資料文稿中設定一次，而不必逐個程式碼區塊設定：

execute:
  echo: false
  warning: false

分析很慢？在耗時的程式碼區塊加上 #| cache: true——Quarto 只在該區塊的程式碼變動時才會重新執行，因此修改文字後重新編譯，不會重新擬合你的模型。

真實的工作流程：從 Research 中的 .xlsx 讀取 P–V 資料，進行 Birch–Murnaghan 擬合，在編譯時加上註記並編號。

如果程式碼區塊沒有執行

三個原因幾乎涵蓋所有情況。渲染器不對：只有當編譯面板的渲染器設為 Quarto 時，程式碼才會執行——在 pandoc 或 Typst 下，程式碼區塊會以字面上的程式碼區塊原樣輸出（這是刻意的設計：那些流程從不執行任何東西）。缺少引擎：編譯 ▸ 設定外部工具… 會檢查你的工具鏈；Python 程式碼區塊需要直譯器上裝有 Jupyter（pip install jupyter），R 則需要 knitr + rmarkdown。路徑假設：程式碼區塊以專案作為工作目錄執行，所以讀取資料時請寫 Research/pv-data.csv，而不是你另一台電腦上的絕對路徑——讓路徑保持相對於專案，也正是讓手稿對共同作者可重現的關鍵。

想要靜態時就靜態，重要時就動態

可執行程式碼區塊與一般圖片可以共存。照片或手繪示意圖仍是普通的 Markdown 圖片；由資料衍生的圖表則化為程式碼區塊。Folio Writer 的書稿檢查甚至會留意靜態的那一種——標記出比繪製它的指令碼還舊的圖——因此無論一張圖走哪條路，都不會默默過時。

內含期刊等級的輸出

由於 Quarto 渲染器正是驅動期刊格式的那一個，動態圖表在出版社模板中同樣適用：加入期刊擴充套件（AGU、Elsevier、Copernicus…），在中繼資料中設定 quarto-to:，編譯出的投稿版本就會帶有從你即時分析產生的圖表——任何人只要一個指令，就能從專案中的純文字檔案重現。

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